从来源上看，除了企业自身生产经营中积累的秘密外，商业秘密还主要产生于以下三个渠道：一是职务技术成果。也就是企业员工为执行单位工作任务，或利用本单位的物质技术条件所完成的技术成果。根据《合同法》的规定，这种成果属于单位所有。二是委托开发。公司除自行开发研究之外，往往也会出资委托其他公司或科研机构研究开发生产技术。根据《合同法》规定，这种商业秘密的归属由当事人自行约定，如果没有约定或约定不明的委托人和被委托人共同拥有。一般情况下，企业作为委托人都会选择由自己成为成果的所有人。三是合作开发。有时企业也会和其他公司和科研机构取长补短合作开发技术项目。此时也需要合作各方约定成果的归属，没有约定或约定不明的，合作方均有使用权、转让权和专利申请权。
此外，企业经营者还需要明白的一个问题是商业秘密和专利之间的区别。商业秘密大体上分为两类：一类是不符合专利性要求的信息，比如客户名单等经营信息或发明创造性不够，而不能被授予专利权的制造方法；还有一类是符合专利性要求、可以通过专利进行保护的发明。此时，企业往往面临一个选择，那就是将这个发明作为商业秘密保护还是申请发明专利。之所以需要做出选择是因为商业秘密和专利的保护方法不同。