如果说宋初三先生胡瑗、石介、孙复以及欧阳修等人，对佛教的仇视不遗余力的话，那么从周敦颐、张载开始，其理学思想就明显受到了佛教的影响。到了二程时代，佛教对理学的影响更深，及至南宋张九成、朱熹、陆九渊等理学大师，又何尝不是援佛入儒？除这些理学家外，其他的大儒如王安石、苏氏兄弟等人，在其学说中都大量吸纳佛教内容。也可以说影响中国文化至深的宋代理学，正是北宋中叶以后儒、释、道三教合流的产物，至此儒释互补，儒佛合流才完成了真正的历史使命。
宋儒积极“援佛入儒”，吸纳佛学精华，形成中国封建社会后期占统治地位的新儒学——理学，这只是问题的一个方面，另一方面是佛教在宋代也发生了很大的变化。诚如清代学者陈澧所言：“自唐以后，不独儒者混于佛，佛者亦混于儒。……儒者自疑其学之粗浅而骛于精微，佛者自知其学之偏驳而依于纯正。”这种变化可以从两个方面加以探究，一是佛教的世俗化，二是佛教的儒学化。
佛学传入中国，其清规戒律规定僧人不养父母、不娶妻生子、不事耕稼、不蓄头发等，与中国传统礼制最根本的冲突是不拜君父，将自己凌驾于帝王之上，这与中国传统人伦纲常格格不入。这一点成为儒家攻击佛教的利器。但是入宋以后，佛教与王者分庭抗礼的情况发生了根本的变化，皇帝到寺院烧香，可以不拜佛像，这就叫“现在佛不拜过去佛”[29]。同时僧人也趋炎附势，升堂拈香，第一香“祝延今上皇帝圣寿无穷”；第二香“奉为知府龙图、驾部诸官，伏愿常居禄位”；第三香才轮到受业恩师。佛教的世俗化使统治者觉得它与儒学一样同样有裨于政治，因此才竭力扶持之。尽管宋代佛教待遇优厚，但在官僚体制中，仍未动摇儒家的正统地位，儒士的政治地位远远高于僧人，这一点僧人很明白，他们转向学习儒学。智圆法师就曾明确说过：“世有滞于释氏者，自张大于己学，往往以儒为戏。岂知夫非仲尼之徒则国无以治，家无以宁，身无以安。……国不治，家不宁，身不安，释氏之道何由而行哉？”[30]智圆看得清楚，佛教必须依托政治才能生存，不然唐武宗灭佛的惨剧便会重演。要想生存，必须从传统儒学中汲取积极因素丰富自己，改造自己，佛教的儒学化势所必然。